Dalam mengembangkan jurusan dan program studi, PKN STAN sebagai PTKL sangat terkait dengan kebijakan Kementerian Keuangan selaku Kementerian pembina. Saat ini PKN STAN memiliki 4 Jurusan dan 10 Prodi yang masing-masing prodi memiliki akreditasi B, sebagai berikut:
a. Jurusan Akuntansi:
1. D-IV Akuntansi
2. D-III Akuntansi
b. Jurusan Pajak:
1. D-III Pajak
2. D-III PBB/Penilai
3. D-I Pajak
c. Jurusan Kepabeanan dan Cukai:
1. D-III Kepabeanan dan Cukai
2. D-I Kepabeanan dan Cukai
d. Jurusan Manajemen Keuangan
1. D-III Kebendaharaan Negara
2. D-III Manajemen Aset
3. D-I Kebendaharaan Negara
Ke depan, sehubungan dengan adanya kebijakan untuk melakukan penataan program studi dengan melakukan integrasi program-program studi serumpun dan fokus pada penyelenggaraan pendidikan Diploma pada jenjang D-IV menyebabkan upaya pengembangan program studi dilakukan penyesuaian. Adapun fokus penataan mencakup penataan program studi eksisting serta penyiapan program dan kurikulum pendidikan tinggi vokasi jenjang D-IV di bidang keuangan negara untuk menjawab kebutuhan kompetensi pengelolaan keuangan negara di masa mendatang dengan menitikberatkan pada penguasaan keilmuan dan praktik pengelolaan keuangan negara yang komprehensif, termasuk pada penguasaan teknologi informasi.
