Jurusan Pajak Politeknik Keuangan Negara (PKN) STAN dipimpin oleh Ketua Jurusan. Jurusan Pajak memiliki 3 (tiga) Program Studi unggulan, yaitu :
- Program Studi Diploma Tiga (III) Pajak;
- Program Studi Diploma Tiga (III) Pajak Bumi dan Bangunan/Penilai; dan
- Program Studi Diploma Satu (I) Pajak.
Masing-masing Program Studi dipimpin oleh Ketua Program Studi. Penyelenggaraan pendidikan untuk Program Studi Diploma III Pajak dan Program Diploma III Pajak Bumi dan Bangunan/Penilai diselenggarakan di Kampus PKN STAN. Sedangkan untuk Program Studi Diploma I Pajak, selain diselenggarakan di Kampus PKN STAN, juga mengambil tempat di 11 Balai Diklat Keuangan yang tersebar di kota-kota besar di Indonesia.
Diawal berdirinya, Bapak Rahmad Utomo ditunjuk sebagai Ketua Program Studi Diploma III Pajak, Bapak Eri Wahyudi ditunjuk sebagai Ketua Program Studi Diploma III Pajak Bumi dan Bangunan/Penilai, dan Bapak Agus Bandiyono ditunjuk sebagai Ketua Progrm Studi Diploma I Pajak.
