Keputusan Menteri Keuangan No. 71/KML.05/2008 tanggal 31 Maret 2008 menandai PKN STAN menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU). Dengan penerapan PPK-BLU ini, PKN STAN melalui kewenangan direktur memiliki otonomi dalam pengelolaan keuangannya. Penyelenggaraan pendidikan tinggi di PKN STAN dibiayai sepenuhnya dengan dana APBN, yang meliputi rupiah murni dan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP). Untuk penyelenggaraan pendidikan ini, mahasiswa tidak dikenai biaya selain biaya untuk mengikuti ujian saringan masuk (PNBP) yang digunakan untuk membiayai penyelenggaraan kegiatan tersebut.
Renstra 2015-2019 terkait keuangan memfokuskan pada tingkat ketersediaan anggaran dari kebutuhan dan tingkat pemanfaatan (realisasi) anggaran. Seperti ditunjukkan pada Tabel I.18, setiap tahun dalam periode 2015-2019 anggaran biaya PKN STAN sedikitnya Rp 87.5 milyar dan dialokasikan untuk Bagian, Prodi, Jurusan, Satuan, Pusat, dan Unit di lingkungan PKN STAN sesuai dengan program/kegiatan dalam rangka menjalankan tugas dan fungsinya.
